Le deuxième grand départ n'était pas une renaissance théâtrale mais une décision prise pour poursuivre de nouvelles questions à une échelle plus large. Une autre mission, plus ambitieuse sur le plan scientifique, envoya deux corvettes vers le sud avec des couches supplémentaires de verre et de presses, et avec des hommes dont la formation passait de la simple navigation à une histoire naturelle et une science hydrographique ciblées. L'officier portait désormais une charge plus lourde : des longitudes à corriger aux points de chronomètre, des côtes à fixer, et un horizon sud qui était resté obstinément vide sur de nombreuses cartes.
La première scène de ce passage sud présente un ciel aussi blanc que l'os. Ils descendirent dans des latitudes où la chaleur du soleil s'amenuisait et où l'air avait un goût métallique. La glace commença d'abord sous forme de petites choses étrangères : une éparpillement blanc sur l'eau qui pouvait être des morceaux de pumice. Puis grandit la géométrie monstrueuse des glaces, chaque bord un couteau replié sur des algues vert foncé et battu par le ressac implacable. La coque de la corvette frotta une fois contre un pack submergé et une planche se détacha ; le bruit était comme de l'os contre du métal. Des hommes avec des barbes gelées tiraient des cordes avec des mains rigides ; la respiration sortait en petites nuées fantomatiques, et chaque sangle en cuir grinçait avec un froid qui s'infiltrait dans les articulations et les cartes.
Sur le pont, le craquement de la glace sous les pieds changeait le rythme du travail. L'équipage se tenait en veille comme des sentinelles autour d'une machine fragile ; chaque grincement de la coque était rapidement vérifié. Le contingent scientifique travaillait plus dur dans le froid, fourrant des spécimens dans de l'alcool, pressant de petites algues entre des feuilles qui se durcissaient sous le gel. Ils enregistraient des oiseaux qui chevauchaient le vent comme des croquis vivants et des crustacés mystérieux trouvés sous des algues flottantes. La seconde corvette perdit un petit bateau à cause de la glace cette nuit-là : il se brisa contre une banquise et coula en quelques minutes, une absence sombre et soudaine qui rappela à chaque homme qu'ici, la marge entre le soin et la catastrophe s'amincissait.
Le premier contact avec certaines communautés du Pacifique lors du voyage vers le sud ne se produisit pas sous la forme d'une anthropologie décorative mais comme des échanges pragmatiques tendus. Sur un atoll éloigné où le bois et l'eau douce étaient rares, des bateaux s'éloignèrent pour troquer des provisions. L'équipage offrit des outils en fer et des couteaux ; les insulaires mesuraient la valeur différemment, pariant sur la réciprocité et des liens sociaux qui ne pouvaient être lus sur des cartes. Ces rencontres produisirent des cadeaux de nourriture d'un côté et la prise malaisée d'objets culturels de l'autre : des dieux sculptés et des panneaux tissés retirés et soigneusement emballés pour le long voyage de retour. Les ethnographes à bord cataloguèrent les tournures de discours et les motifs de tatouage, faisant des notations qui seraient plus tard lues comme scientifiques, coloniales et coupables à tour de rôle.
Le danger augmenta sous la forme de tempêtes et d'isolement. Un coup de vent du sud-est arriva avec la rage d'une tempête tardive : les mâts se pliaient, les poulies se fendaient sous la contrainte, et les voiles à double ris claquaient comme les ailes d'oiseaux énormes. L'officier regardait l'horizon s'effondrer, observant le baromètre descendre et écoutant le son des cordes qui avaient vu trop de vents. En bas, le chirurgien luttait contre la fièvre et une petite épidémie de dysenterie parmi des hommes affaiblis par le froid et par la monotonie des rations conservées. La médecine à l'époque était une faible illumination contre de telles forces ; les traitements offraient de petites marges de soulagement.
En même temps, les naturalistes rassemblaient un registre extraordinaire d'espèces. Dans une crique rocheuse, ils trouvèrent un oiseau avec un plumage différent de tout ce qui avait été décrit dans leurs bibliothèques. Des coquillages de forme inattendue apparurent dans les algues de marée. Chaque spécimen glissait dans des bocaux et des boîtes avec le soin cérémonieux d'une espèce se voyant accorder un nom européen. L'acte de collecte semblait, pour beaucoup à bord, comme un sauvetage — une tentative de préserver l'alphabet vivant de la mer avant qu'il ne disparaisse de leur vue.
L'effet psychologique de tant de blanc n'était pas neutre. Les nuits s'allongèrent en une étrange continuité de lumière tamisée. Les hommes se trouvèrent à parler moins ; certains glissèrent dans une léthargie qui ressemblait à une petite mort. D'autres devinrent hyper attentifs, cataloguant chaque son : le frottement de la glace le long de la coque, le cri lointain d'un oiseau, le ping métallique d'une poulie qui avait glissé de sa rainure. L'isolement produisit de petits actes religieux parmi l'équipage : un polissage méticuleux du laiton, une vérification rituelle des nœuds, la préservation d'un petit objet personnel contre la perte.
Une crise particulière cristallisa le voyage. La banquise sud poussa vers le rivage et sembla former une barrière, un rempart de glace dont la face abrupte rendait impossible d'avancer facilement. Les officiers débattirent de la nécessité de la contourner ou de tenter une course dangereuse près de la côte. La décision pesait sur les hommes : rester et attendre ou essayer un passage qui mettrait à l'épreuve les coutures de la coque. Ils choisirent, par le mince fil de la navigation et du leadership, de choisir un cap à travers une fracture dans la glace. Le passage tendit les bois et jeta des hommes sur les bastingages ; la corvette entra dans un champ audacieux mais s'en sortit. Ce fut une échappatoire étroite — un moment où la mer fit comprendre que la connaissance s'acquiert au prix du danger.
Au moment où la paire de corvettes fit son prochain débarquement, le cartographie sud avait produit non seulement des spécimens et des coordonnées mais un nouveau sens de la géographie : des côtes qui pouvaient être emprisonnées par la glace et des courants qui tiraient comme des liens invisibles. L'équipage avait été mis à l'épreuve par le froid et la peur et avait maintenu un ordre précaire contre l'érosion lente du moral. L'inconnu était devenu, pendant un temps du moins, un connu dont les frontières étaient mesurées et numérotées dans un registre qui serait plus tard lu, pesé et débattu dans des salons et des académies scientifiques.