Les années intermédiaires furent un creuset d'accomplissement et de calamité. Des cartes qui n'étaient que des esquisses pâles devinrent des chartes précises avec l'ajout de fixes de longitude et de profils de rivières. En même temps, le registre humain se remplissait de pertes et de dilemmes moraux qui viendraient un jour compliquer la réputation de l'expédition.
Une scène clé qui cristallise la double nature de l'expédition se déroula dans un établissement riverain où un traité nouvellement complété était célébré avec un minimum de cérémonie. La rivière léchait le rivage dans un rythme régulier, chantant comme du cuir ; de petites vagues meurtrissaient la berge et laissaient des lignes de limon humide. La chaleur s'élevait en vagues scintillantes depuis l'argile exposée ; des insectes tourbillonnaient dans la lumière. D'un côté, un cartographe plissait les yeux contre l'éblouissement, traçant des lignes encreées tout en esquissant la courbure d'un virage voisin ; le botaniste, accroupi sur un tapis, pressait un spécimen sur du papier humide, le léger parfum de la feuille verte écrasée se mêlant à l'odeur terreuse de la rivière. Un diplomate ajoutait une approbation officielle sur le mince parchemin. De l'autre côté, il y avait des signes de coût : la rivalité locale enflammée par le nouvel alignement commercial, des visages tendus par l'inquiétude alors que les alliances changeaient ; un groupe de porteurs s'effondrant de malnutrition, leurs yeux creux et leur respiration laborieuse étant un registre de l'échec de la chaîne d'approvisionnement. L'air portait l'odeur de poisson fumé et le goût aigre de corps non lavés ; sous les pieds, le sol cédait légèrement, imbibé par les récentes hautes eaux qui avaient laissé de la boue collée aux bottes.
La fondation d'une station permanente qui deviendrait plus tard une ville se trouve au cœur de ce chapitre. Dans ce moment décisif, un site fut choisi sur une haute berge qui offrait à la fois un ancrage et une proximité avec les voies intérieures. Le choix était urgent : des eaux montantes pouvaient engloutir les terrains bas, et le son de tambours lointains ou de voix élevées pouvait présager une confrontation si l'ancrage s'avérait exposé. Des hommes enfoncèrent des pieux dans le sol alluvial, le son aigu du métal sur le bois audible à travers la clairière ; ils élevèrent des abris à partir de bois brut, des toits improvisés claquant dans le moindre vent qui passait. Des outils mordaient dans de nouveaux arbres, l'odeur de bois frais et de sciure remplissant l'air humide. Des piquets furent plantés dans un sol peu profond comme des revendications visibles, des sillons de terre perturbée marquant la première empreinte obstinée d'une présence étrangère. L'établissement n'était pas simplement matériel : c'était une déclaration causale, une empreinte d'intention. Là où la mission avait auparavant navigué et signé, ce site annonçait que quelque chose de plus grand était en train d'être planté. Cette empreinte modifia le paysage de l'autorité : elle créa un nœud à partir duquel le commerce et l'administration pouvaient rayonner, un point focal qui attirait marchands, émissaires et, avec le temps, les pressions de l'entreprise extractive.
Les découvertes scientifiques s'accumulaient parallèlement aux mouvements politiques. Les naturalistes de la mission emballaient des spécimens fragiles dans des bouteilles et des paquets ; des bocaux cliquetaient dans des malles, des étiquettes humides et brouillées, chaque échantillon étant un petit cercueil de vie pressée. Les échantillons de plantes remettaient en question les taxonomies existantes ; des feuilles séchées se froissaient et laissaient tomber de légères poudres sur les paumes lorsqu'elles étaient manipulées. Des notes cartographiques, prises après de longues heures au bord de la rivière ou sous le balayage indifférent des étoiles, clarifiaient des virages qui avaient auparavant été mal localisés de moitié de degré. Le travail sous le ciel était implacable : le jour, le soleil blanchissait la peau, la nuit, les étoiles formaient un dais froid et indifférent sous lequel les hommes vérifiaient leurs repères, la rivière murmurant en passant. Ces découvertes seraient intégrées dans une connaissance européenne plus large, changeant la façon dont les géographes et les marchands concevaient la navigabilité et le potentiel de ressources de la région. Chaque nouvelle espèce décrite et chaque ligne corrigée sur une carte se traduisait par un appétit commercial : types de bois, sources d'huile de palme, itinéraires pouvant être reliés aux marchés intérieurs.
Mais les tensions morales de l'expédition se cristallisèrent de manière plus douloureuse dans le coût humain que l'économie coloniale exigeait bientôt. Porters et ouvriers, beaucoup engagés avec des promesses de rémunération et de protection, succombaient à la maladie, à l'épuisement et à la négligence. Les pieds se couvraient de cloques et enflammaient dans une boue lépreuse ; le soleil aveuglant laissait des visages craquelés et irrités ; les nuits apportaient des sueurs fiévreuses, des frissons et un sommeil qui n'était jamais assez profond pour être réparateur. Certains abandonnaient le travail et retournaient dans leurs villages ; d'autres mouraient simplement sur le chemin. L'expédition enregistra les noms de certains des morts mais pas tous. L'odeur de ces chemins — fumée de bois, terre perturbée, odeur cuivrée de vieux sang — devint partie intégrante de l'excavation de l'empire. Également douloureux étaient les conflits avec des personnes qui résistaient au nouvel ordre. Des escarmouches, parfois provoquées par des malentendus, parfois par une résistance directe au commerce d'armes et aux nouvelles hiérarchies, laissaient des hommes blessés et des réputations ternies. Le bruit soudain et chaotique d'un affrontement — des bottes frappant le sol humide, la course effrayée des gens cherchant un abri, le goût métallique de l'alarme dans l'air — était une ponctuation récurrente et indésirable.
Il y eut des moments d'héroïsme et de misère en proportions égales. Des tentatives de sauvetage furent faites lorsque des canoës chavirèrent : des camarades s'enfoncèrent dans l'eau froide et boueuse, les mains engourdies et les vêtements lourds de limon de rivière, s'agrippant à des membres et des pagaies parmi les roseaux qui claquaient et traînaient. Des hommes traversèrent des marais pour tirer des survivants des lits de roseaux, leurs corps à moitié submergés et glissants d'algues, les muscles brûlant de l'effort. Il y eut aussi des mutineries — petites, rapides, refus désespérés de la part d'hommes qui ne pouvaient supporter la maladie, la distance, la nourriture. Par de telles nuits, les commandants de l'expédition devaient peser la discipline contre la compassion ; des décisions furent prises qui seraient plus tard jugées différemment par les historiens et par les contemporains. Les pannes d'équipement se firent à nouveau sentir : un théodolite de nivellement, tombé lors d'une précipitation, brisa son verre fin dans un bruit semblable à un petit coup de feu, les éclats se dispersant et réfléchissant le soleil ; la perte signifiait des semaines de travail alors que les mesures devaient être vérifiées à la main sous le soleil et les étoiles.
Au moment de la plus grande pression, lorsque des agents rivaux poussaient des revendications et que des pressions économiques exigeaient plus de territoire et de ressources, le leader prit un choix controversé. Plutôt que de répondre à la force par la force, il multiplia les traités et chercha des alliés locaux, enveloppant l'autorité française dans un réseau d'accords qui, à son avis, sécuriseraient l'influence sans conquête totale. Le choix était stratégique et humain dans son intention mais littéral et conséquent dans son effet : les traités ouvrirent des portes que les entrepreneurs et les concessionnaires utiliseraient plus tard pour extraire des ressources et exercer une autorité de manière que le leader n'avait ni prévu ni désiré. Les fins parchemins, parfois froissés et humides de l'humidité de la rivière, devinrent une autorité transportable ; des lettres et des documents voyagèrent vers des bureaux lointains où ils seraient interprétés et agis de manière que le terrain ne pouvait contrôler.
La tragédie suivit. À mesure que la station de la mission grandissait, des sociétés de concession et d'autres agents convergeaient avec des demandes et des pratiques que le langage diplomatique original ne pouvait contenir. Des cas de coercition, de travail forcé et d'abus commencèrent à être rapportés en chuchotements et en dépêches. La distance entre l'idéal précoce de l'expédition d'engagement mesuré et la réalité émergente de la violence motivée par le profit s'élargissait. Le leader qui avait cherché à lier la présence de son pays à l'amitié découvrit que ses traités pouvaient être transformés en instruments d'exploitation par d'autres qui se souciaient moins du langage délicat de la diplomatie que du rendement immédiat des ressources. Cet écart croissant — l'encre soignée des traités contre la rudesse de la réalité sur le terrain — était une source d'inquiétude croissante : une ligne de carte redessinée, un pacte mal interprété, et des milliers de vies pouvaient être refaites.
Ces contradictions formaient l'épreuve centrale de l'entreprise. La mission avait réussi à cartographier, à établir un point d'ancrage et à produire des connaissances scientifiques ; mais ces succès étaient couplés à des coûts humains et à de futurs abus qui ternirent le bilan. La vérité qui nécessiterait un examen était que l'exploration et l'empire avaient été entrelacés dès le départ : chaque ligne sur une carte, chaque traité signé, avait le potentiel de devenir un levier de domination. Alors que l'expédition consolidait ses découvertes, la question se déplaçait de savoir si elle avait trouvé le cours de la rivière à savoir si elle avait créé un système qu'elle pouvait contrôler — un système dont les courants s'étendaient bien au-delà des intentions qui avaient pris le large sous le même ciel large et indifférent.