Au-delà du détroit, la mer changea de caractère. Pendant des mois, les navires dérivèrent à travers un bassin d'eau dont le calme n'était qu'un prélude à sa cruauté. Cet océan exigeait une arithmétique d'endurance : des jours sans apercevoir la terre, des semaines durant lesquelles le soleil semblait rétrécir tandis que les provisions diminuaient. La nourriture s'amenuisait plus vite que quiconque ne l'avait calculé ; le scorbut se propageait le long des ponts inférieurs avec une cruauté anonyme. Les hommes mangeaient ce qu'ils trouvaient : des rats, du cuir ramolli dans l'eau, quelques algues récoltées, et les restes que l'on pouvait extirper de biscuits durs mâchés. Le goût du sel et le tang métallique des clous rouillés se mêlaient dans la bouche de l'appétit.
Les oiseaux restaient la seule petite salvation. Chaque fois qu'un oiseau de mer tournait autour d'un mât, il y avait lieu d'espérer ; les oiseaux marquaient l'étendue périphérique de la terre, et leur présence pouvait être mesurée et appréciée. Lorsque la première île se leva au-dessus de l'horizon après des jours sans fin d'eau plate, l'explication s'accompagnait d'une gratitude presque religieuse ; les équipes de pont se déplaçaient comme des ombres qui avaient oublié de parler. Les hommes pleuraient, non toujours par soulagement mais pour une affection qui avait été complètement asséchée par la faim et la peur.
Ils aperçurent des îles en chemin, des atolls étranges qui jaillissaient comme des dents de corail. À certains débarquements, ils échangèrent et se réapprovisionnèrent ; à d'autres, ils rencontrèrent des peuples qui les voyaient comme des anomalies — des forteresses flottantes de fer étranger. Dans l'un de ces groupes d'îles, ils prirent de l'eau et la colle de la camaraderie se reconstitua autour des tâches communes de survie. Des observations furent faites : des marées et du ciel, des courants et des migrations d'oiseaux. Ces petites découvertes serviraient plus tard de seul échafaudage scientifique pour la navigation transocéanique.
Enfin, ils atteignirent un archipel dans les régions orientales de la mer qui n'avait, jusqu'alors, été qu'une conjecture sur les cartes européennes. Lorsqu'ils débarquèrent sur une petite île boisée, ils prirent contact avec des dirigeants et des voisins locaux. La rencontre était politique ; elle avait la politesse fragile d'étrangers qui se mesurent les uns aux autres pour un avantage. Certains des souverains autochtones les accueillirent avec des cadeaux et des symboles d'alliance. La possibilité d'une alliance stratégique — un point d'appui qui pourrait permettre le commerce et l'échange d'épices — se présentait comme un prix scintillant. Le capitaine s'efforça de sécuriser une telle relation, y voyant un moyen de renforcer sa position et d'obtenir les marchandises même que son voyage avait été conçu pour trouver.
Mais l'engagement politique comporte des périls. Dans un combat intérieur d'une île, le capitaine engagea des hommes dans une querelle locale, prenant les armes et portant le poids du jugement pour avoir choisi un camp. Ce choix eut des conséquences immédiates et violentes : lors d'un combat rapproché sur une plage couverte de corail à un endroit appelé Mactan, le capitaine fut abattu. Il ne mourut pas en mer, mais sur la terre, au milieu du ressac chantant et de l'odeur de fer du sang et du sel. La perte de leur leader fut catastrophique non seulement en termes de sentiment mais aussi de commandement : un point central qui avait tenu les hommes ensemble était parti, et avec lui, une autorité qui avait maintenu la fragile hiérarchie en place.
Le manifeste du navire changea avec sa mort. Certains hommes furent tués dans la confrontation ; d'autres furent capturés ou perdus dans les suites. Les capitaines et officiers restants furent confrontés à des décisions urgentes concernant la loyauté et la survie. Les navires de la flottille souffraient de différentes manières — l'un serait plus tard saisi ; un autre resterait à flot et, finalement, accomplirait un retour qui ferait vaciller l'histoire de son axe. Pour ceux qui restèrent, le voyage se révéla être un registre de choix, chaque entrée marquée par une combinaison de bravoure et de mésestimation. La mer avait offert des merveilles et de la géographie, mais elle avait également exigé un prix terrible et sans ambiguïté.